とある地方都市・見滝原市に住む鹿目まどかは、
少し引っ込み思案な、どこにでもいる女子中学生。
だが“魔法少女”となって魔女と戦う少女たちの存在を知り、
その戦いに巻き込まれていく。

魔法少女たちが傷つき倒れていく姿を悲観した彼女は、
キュゥべえに「すべての魔女を生まれる前に消し去りたい」と願う。
かくして、まどかは「円環の理」と呼ばれる超常的概念と化し、
その力によって、世界は魔女が存在しないものとして作り変えられた。

暁美ほむらは、まどかの最後の意志を胸に抱き、
魔女の代わりにはびこるようになった「魔獣」たちと戦い続けることを誓う。
円環の理に導かれる日を夢見て、戦い続ける――。
ほむらは魔法少女としての日常をすごしていた。

ナイトメアとの戦いの日々だが、仲間たちとの楽しい毎日。
しかし、日常の綻びに違和感を覚え始め、ついには決定的な事実に思い至る。
それは、この世界にはいないはずの“鹿目まどか”が存在すること。
ここは魔女と化しつつある自分が、まどかとの日常をもう一度取り戻すために捏造した世界、偽りの空間だったのだ。

魔法少女たちは、その秘密を知りつつ利用しようとしていたキュゥべえの企みを打ち砕くべく共闘する。
だがそれは、ほむらが魔女と化し、
まどかは円環の理として世界から遊離した存在であることを、認めるのに他ならなかった。
それゆえに最後の瞬間、ほむらはまどかを失わないために、
神にも等しいまどかを貶める「悪魔」となり、自ら世界を作り変える。

見滝原の女の子たちのあいだで、最近、とあるうわさ話が囁かれていた。
“トカゲさん電話”が、願いを叶えてくれる――この世の呪いと戦うことを引き換えに。
その頃、“ソウルジェムを持たない少女”が魔獣狩りを行うという、異常事態が連続して起きていた。
ほむらは、そんな風景を悠然と眺め、この世界に君臨する悪魔として、
すべてをほしいままにしていた。――はずだった。

そんな歪んだ日常を終わらせる存在が、突如として現れる。
すべての魔女の始まりの場所――名塚底根（なづかそこつね）、
かつてほむらを苦しめた複数の魔女の集合体――ワルプルギスの夜、
そして、円環の理を求める魔法少女がふたり。
少女たちは言う。「暁美ほむらを許さない」と。

円環の理を失った世界で、魔法少女たちの運命が、再び廻り始める。